In den Beständen der Stiftung Weimarer Klassik befindet sich - von Ausnahmen abgesehen - der komplette Nachlass des Philosophen Friedrich Nietzsche. Das Gebäude in der Humboldtstraße 36, in dem Nietzsches Schwester Ende des 19. Jahrhunderts das Nietzsche-Archiv einrichtete und in dem Friedrich Nietzsche die letzten Jahre seines Lebens krank und umnachtet verbrachte, ist heute Teil der Stiftung Weimarer Klassik.

Die Tätigkeit der ersten Nachlassverwalter hat die problematische Wirkungsgeschichte Nietzsches im 20. Jahrhundert entscheidend geprägt. In der DDR wurde die Inschrift „Nietzsche-Archiv" über dem Portal abgeschliffen, die Philosophie Nietzsches tabuisiert. Die Aufarbeitung der Geschichte des Nietzsche-Archivs wird einen Schwerpunkt der Arbeit des Kollegs Friedrich Nietzsche bilden. Gleichzeitig soll Nietzsches Denken selbst als Herausforderung angenommen und das Kolleg ein lebendiges Forum für die Auseinandersetzung mit philosophischen Fragen der europäischen Gegenwart werden.

In diesem Sinne eröffnete die Stiftung Weimarer Klassik im Oktober 1999 das Kolleg Friedrich Nietzsche, das seinen Sitz im Haus des ehemaligen Nietzsche-Archivs hat. Das neue Kolleg ist als eine „Werkstatt für freie Geister" konzipiert und wird auch mit Schriftstellerinnen und Schriftstellern zusammenarbeiten.