Für die sensible Restaurierung des Beethoven-Hauses, bei der die originale Bausubstanz so weit wie irgend möglich erhalten wurde, und die Neugestaltung der Dauerausstellung wurde dem Beethoven-Haus der „Europa nostra"-Denkmalschutzpreis 1998 zuerkannt. Die Auszeichnung wird seit 1978 unter der Schirmherrschaft der europäischen Kommission für die Erhaltung und Restaurierung des architektonischen und landschaftlichen europäischen Erbes vergeben.

Das Beethoven-Haus ist das einzige Projekt in Deutschland, das ausgezeichnet wurde. Alexander Fürst zu Sayn-Wittgenstein, Vizepräsident von „Europa nostra", überreichte dem Beethoven-Haus den Preis am 3. September 1999.