Die Sammlungen des Goethe-Nationalmuseums sind heute durch einen weit beachteten EDV-gestützten Gesamtkatalog als Bilddatenbank größtenteils erschlossen, wenn auch noch nicht in allen Teilen zureichend kritisch bestimmt und gültig erforscht. Nachgewiesen werden derzeit rund 100.000 Objekte aus den Gattungen Gemälde, Skulptur, Mobiliar, Druckgraphik, Handzeichnungen, Münzen und Medaillen, Kunstgewerbe (als Sammelbegriff), historische Photographie. Im Haus wird neben der Bewältigung der durch Bau und Sanierung geprägten Tagesaufgaben (Neukonzeptionen ganzer Schlosseinrichtungen wie Dornburg 2000-2002) und der umfassenden konservatorischen und restauratorischen Maßnahmen zur Bergung und Rettung der Bestände sowohl an einer gattungsparallel organisierten Bestandserschließung als auch an Forschungsprojekten gearbeitet (u. a. Internationaler Porträtkatalog 1600-1900, Inventar der Sammlungen Goethes, Neuausgabe des Corpus der Goethe-Zeichnungen, Ikonographia Saxonia, Ikonographie der deutschen Klassik, monographische Künstlerbestände aus Klassik und Romantik). Ein Verbundkatalog des in Weimar befindlichen Gemäldebestandes aller Institutionen von 1500 bis 2000 ist im Aufbau. 

Johann Wolfgang von Goethe Peterskirche in Rom Aquarell, 1788 Corpus II, 263 Goethe-Nationalmuseum Weimar

Der weitgezogene Interessenkreis der Goethe'schen Sammlungen hat auch den Sammlungsgrundriss des Hauses bestimmt. Nur die Kollektion zur Naturwissenschaft geht über den Goethe'schen Fundus kaum hinaus. Alle anderen Bestände werden nach Maßgabe von Ange bot und Haushaltsmitteln, zunehmend durch Schenkungen und Spenden, konsequent erweitert. Der 1885 mit Museumsgründung begonnene "kustodische Bestand" hat seinen Schwerpunkt zwischen 1750 und 1850 und sichert dem Haus auf dem Kunstmarkt und bei Nachlasserwerbungen einen festen Platz. Ein Augenmerk bei der Ankaufspolitik der letzten Jahre gilt Objekten aus der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts, soweit sie mit der Kulturgeschichte Weimars korrespondieren. Die rezeptionsgeschichtliche Sammlung mit Schwerpunkten beim literarischen Quartett der Klassiker reicht bis in die moderne Kunst, kann - und will - jedoch nicht im Bereich des Theaters z. B. mit anderen Sammlungen konkurrieren. Die Zugehörigkeit des Liszt-Hauses und des Nietzsche-Archivs (mit einem Interieur von Henry van de Velde) zum Museumsensemble begünstigt eine Weiterführung der dort vorhandenen Bestände.

Bei all dem ist zu berücksichtigen, dass die von den "NFG" verfügte Zernierung der Bestände in einen bibliothekarischen, einen archivarischen und einen "musealen" Teil sich auf die Nachlässe von Künstlern und Gelehrten zum großen Teil durch konsequente Ignorierung des Provenienzprinzips zerstörerisch ausgewirkt hat. Hinzu kommt, dass das Haus heute durch willkürlich zugewiesene Objekte aus der Phase der "Bodenreform" nur unter größten Schwierigkeiten historische Zusammenhänge wieder herstellen und tatsächliche Besitzverhältnisse rekonstruieren kann. Nach über Generationen gewachsenen Haustraditionen hat die "Verschiebung" von Beständen innerhalb Weimars seit 1953 ganze Bereiche wie z. B. die Graphische Sammlung der Großherzoglichen Bibliothek (heute Herzogin Anna Amalia Bibliothek) durch schubweise Überführung in das Goethe-Nationalmuseum als Sammlungskontext vorsätzlich zerstört, ohne dass umgekehrt das Haus am Frauenplan für diesen Bestandszuwachs fachlich und konservatorisch gerüstet gewesen wäre.

In Weiterführung von z.T. jahrzehntelangen Vorhaben erscheinen seit 1996 regelmäßig jährlich mehrere Hausmonographien, Bestandsverzeichnisse und ausstellungsbezogene Publikationen; mit dem Gesamtverzeichnis des Gemäldebestandes (ca. 1700 Nummern) wird erstmals das Modell einer künftigen CD-Rom-Veröffentlichung der "Bestandsverzeichnisse des Goethe-Nationalmuseums" (hrsg. von Gerhard Schuster und Hans Zimmermann) vorgelegt. Nach Fertigstellung des durch Goethe-Jubiläum und Kulturstadtjahr ermöglichten Umbaus des Stammhauses mit neuer Ständiger Ausstellung, sammlungsbezogenen Benutzerräumlichkeiten und gestraffter Geschäftsverteilung kann der Bereich von Sonderaustellungen in und außerhalb Weimars künftig ebenso aktiv betrieben werden wie die Öffnung des Hauses für Fachkongresse und museumsspezifische Veranstaltungen. Leihgaben zu international beachteten Ausstellungen sind inzwischen die Regel; umgekehrt ist das Haus Gastgeber für befreundete Institutionen (Schiller-Nationalmuseum Marbach) und präsentiert seine Bestände außerhalb der Stadt (u. a. in der Casa di Goethe in Rom, wie Marbach Mitglied im AsKI). Im Vorfeld einer Fusion mit den Kunstsammlungen zu Weimar ist die Direktion gleichzeitig auch mit den entsprechenden bestandsbezogenen Untersuchungen betraut.

Das Goethe-Nationalmuseum wird unterstützt von einem eigenen Förderverein, dem "Freundeskreis des Goethe-Nationalmuseums e.V.", der mit beträchtlichem Finanzvolumen, eigenem Stipendienprogramm, Veranstaltungen, Museumsfesten, Sponsorenbindung und Großprojekten (s. den Aufruf zur Sanierung des Wielandgutes Oßmannstedt) u. a. die Arbeit des Hauses im Sinne seines Gründers Großherzog Carl Alexander vor allem in der Szene des literarischen und Kunstmuseums weit über Thüringen und Deutschland hinaus bekannt macht.