Nach Ende des Krieges und Wiederzulassung von Gesellschaften und Vereinen betrieb Grosse, unterstützt vom Präsidenten des Deutschen Archäologischen Instituts, Carl Weickert, maßgeblich die Neugründung der Winckelmann-Gesellschaft. In den folgenden Jahren hatte die Winckelmann-Gesellschaft unter dem Vorsitz von Arthur Schulz (1949-1963) die internationalen Kontakte vor allem nach Italien und Frankreich rasch neu geknüpft und ausgebaut. Seinem Nachfolger, Gerhard Richter (1963-1968), gelang es schon 1955, im Geburtshaus Winckelmanns ein städtisches Museum zu gründen. Unter der Präsidentschaft von Johannes Irmscher (1968-1990) begann die Winckelmann-Gesellschaft ihre Veranstaltungstätigkeit beträchtlich zu erweitern. So wurden außer der Jahreshauptversammlung in Stendal, die um den Geburtstag des Gelehrten im Dezember stattfindet, seit 1972 jährlich zwei wissenschaftliche Kolloquien in jeweils wechselnden Orten organisiert. Im Vordergrund standen dabei Themen, die sich mit Winckelmann, seinem Werk und dessen wissenschaftlichem Umfeld sowie den mit dem Wirken Winckelmanns verbundenen Wissenschaftsdisziplinen beschäftigten.

Bartolomeo Folin Johann Joachim Winckelmann 1776, Stich nach G. B. Casanova Winckelmann-Museum, Stendal

Parallel dazu wuchs die Publikationstätigkeit der Gesellschaft. Dank einer geschickten und weitsichtigen Geschäftsführung konnte die Winckelmann-Gesellschaft ihren internationalen und unabhängigen Charakter bewahren und sich einer Vereinnahmung durch den Staat entziehen. Die Gesellschaft blieb ein privater Verein. Für viele Wissenschaftler bot sie eine willkommene Plattform für eine persönliche Begegnung mit westlichen Freunden und Kollegen.

Seit 1990 und nach der Wahl eines erweiterten Vorstandes boten sich für die Arbeit der Winckelmann-Gesellschaft neue Möglichkeiten für wissenschaftliche Tagungen, Ausstellungen und Forschungsprojekte. So hat sich die Gesellschaft seit ihrer Gründung um eine internationale Winckelmann-Bibliographie bemüht; mehrere Folgen wurden seit 1940 herausgegeben, und im Dezember 1999 erschien sie vollständig verschlagwortet als CD-Rom. Bereits 1988 begann die Winckelmann-Gesellschaft gemeinsam mit der Freien Universität Berlin als erstes deutsch-deutsches Wissenschaftsprojekt der VW-Stiftung die historisch-kritische Edition des Winckelmannschen Hauptwerkes der "Geschichte der Kunst des Alterthums", die unmittelbar vor dem Abschluss steht. Aus diesem erwuchs das Projekt der historisch-kritischen Gesamtausgabe, das zunächst von der Landesregierung in Sachsen-Anhalt unterstützt wurde und nun seit 1996 in ein Vorhaben der Akademie der Wissenschaften und der Literatur Mainz mit einer Arbeitsstelle in Stendal übergegangen ist. Die Deutsche Forschungsgemeinschaft half über drei Jahre, eine "Bilddatenbank zur antiken Architektur und Skulptur, die Winckelmann kannte" aufzubauen, die Anfang 2000 erscheinen wird. Es ist eine Bild- und Dokumentationsdatenbank zu allen von Winckelmann erwähnten antiken Denkmälern. Ein Folgeprojekt ist vorgesehen, das sich mit den Dokumenten, Zeichnungen und Stichen zu antiken Denkmälern des 16. und 17. Jahrhunderts befassen soll. Es wird die Lücke zum "Census"-Projekt schließen, das alle in der Renaissance bekannten Antiken und deren bildliche Wiedergabe erfasst.

Die Sammlung der Winckelmann-Gesellschaft umfasst vor allem Autographen, Erstausgaben und frühe Drucke der Werke Winckelmanns, Winckelmann-Bildnisse und Bildnisse seiner Zeitgenossen, Italienansichten sowie eine kleine Antikensammlung. Die Bibliothek mit der nahezu vollständigen Sekundärliteratur zu Winckelmann ist ein wichtiges Instrument für die Forschung. Von großem Wert für die Forschung sind die Kopien des umfangreichen und zerstreuten handschriftlichen Nachlasses Winckelmanns, die derzeit auch digital zugänglich gemacht werden. Durch die Forschungsprojekte der Gesellschaft konnte die Fotothek beträchtlich erweitert werden. Schwerpunkt bilden hier vor allem die in den Stichwerken des 16. bis 18. Jahrhunderts publizierten Antiken.

Zu den neuen Veranstaltungsformen gehört ein "Stendaler Arbeitskreis zur Theorie und Geschichte der Kunstgeschichtsschreibung in der Archäologie und Kunstwissenschaft". Die Ergebnisse der Tätigkeit dieses 1997 gegründeten Arbeitskreises werden publiziert.

Für weitere Veranstaltungen der Gesellschaft ist der geographische Radius breiter geworden. In den letzten Jahren organisierte die Winckelmann-Gesellschaft u.a. internationale Kongresse in Triest in Zusammenarbeit mit der Università degli Studi di Trieste, der Società di Minerva, den Musei Civici und der Biblioteca Civica zum Thema "Altertumskunde im 18. Jahrhundert - Wechselwirkungen zwischen Italien und Deutschland" (1993), in Paris in Kooperation mit dem Musée du Louvre und dem Deutschen Historischen Institut zum Thema "Die Freiheit und die Künste - Modelle und Realitäten von der Antike bis zum 18. Jahrhundert" (1996) und in Athen im Zusammenwirken mit der Universität Athen zum Thema "Das Stadtbild von Athen von der Antike bis zur Gegenwart"(1997) und im Jahre 1999 anlässlich einer Cavaceppi-Ausstellung in Wörlitz ein internationales Kolloquium zum Thema: "Wiedererstandene Antike - Restaurierung antiker Kunstwerke seit der Renaissance".

Diese Veranstaltungen finden ihren Niederschlag in den Publikationsreihen der Gesellschaft: Mitteilungen der Winckelmann-Gesellschaft, Beiträge und Schriften der Winckelmann-Gesellschaft sowie den Heften der "Akzidenzen". Erwähnt sei schließlich auch der "Wilhelm-Höpfner-Preis der Winckelmann-Gesellschaft", der seit 1984 vergeben wird. Der Preis ist als Reisestipendium für einen Aufenthalt in einem der an Antiken reichen Mittelmeerländer bestimmt. Mit ihm werden junge Künstler gefördert, die in ihren Werken Themen der klassischen Antike aufgreifen oder sich von antiken Kunstwerken inspirieren lassen. In der Nachfolge des Magdeburger Malers und Graphikers Wilhelm Höpfner (1899-1968), dessen Nachlass das Winckelmann-Museum verwaltet, bezieht sich der Preis ausschließlich auf zeichnerische und druckgraphische Arbeiten.